(1) 中華學術院佛學研究所：國內佛學研究之先驅

1978年，創辦人聖嚴法師應教育耆宿張其昀之聘，以國際知名佛教學者身份擔任中華學術院佛學研究所所長。1979年起積極籌備培育人才工作；1981年起招收研究生，修業三年，課程以佛學專題，以及梵、巴、藏語文為主。另側重英、日語之應用教學，以培植國際弘法人才為目標。但因緣變化，1985年，中國文化學院改制，中華學術院佛學研究所停止招生；聖嚴法師遂另創中華佛學研究所於北投，並受聘任為所長。

(2) 中華佛學研究所：專業佛學教育之深根

1986年，北投「中華佛教文化館」改建為新大樓，1987年向教育部申請立案，於同年7月1日奉准正式成立，該年也發行《中華佛學學報》創刊號。前後20年期間接續聘請方甯書教授、李志夫教授、果肇法師、果鏡法師繼任所長；2001年，位於金山的法鼓山世界佛教教育園區第一期工程完工，中華佛學研究所遷入，法鼓山「大學院教育」至此規模初具。

(3) 法鼓人文社會學院籌備處：人文社會學院之籌備

1992年，本校提出設立「法鼓人文社會學院（法鼓大學）」之申請並成立籌備處，隔年7月21籌設案審核通過後，成立籌設委員會並聘任第一屆主任委員（聖嚴法師），1998年教育部函核准「法鼓人文社會學院」之籌設；直至2014年，歷經22年篳路藍縷，四任籌備主任，完成校地整建、校舍興建，法鼓人文社會學院正式獲准成立。

(4) 法鼓佛教學院：單一宗教研修學院

2006年，本校以25年辦學經驗為基礎，與國外十多所知名院校締約之國際化績效，培養多位畢業生在國際取得博士學位的成果，向教育部提出申請，設立單一宗教學院獲准，2007年4月8日舉行揭牌儀式及首任校長惠敏法師就職典禮，成為全國第一所獲教育部核可之獨立的單一宗教研修學院，並於2008年8月1日正式更名為「法鼓佛教學院」。

(5) 法鼓文理學院：第三類私立綜合大學

2014年7 月28日，教育部舉行「法鼓人文社會學院」與「法鼓佛教學院」合併審議會，通過兩校合併，校名為「法鼓文理學院」。教學單位主要涵蓋兩個院所架構，第一、原「法鼓佛教學院」繼續以「佛教學系」招生；第二、原「法鼓人文社會學院」則以「人文社會學群」招生，並於2015年秋季入學第一學期之新生，達成大願興學之重要里程。

2. 教學體系：兩大主要架構

本校自2014年8月併校為法鼓文理學院後，主要分為「人文社會學群」與「佛教學系」兩個教學單位（學院級組織），其前身各別沿襲「法鼓人文社會學院」與「法鼓佛教學院」兩間學校，承接過去 37 年專業分工之發展脈絡，兩個院級組織可各具獨特教學特色，又可共享豐富師資與完善軟硬體資源。「人文社會學群」下設有「生命教育、社區再造、社會企業與創新、環境與發展」四個碩士學位學程，「佛教學系」設有「學士班、碩士班、博士班」，全校整體之教育宗旨以培育兼具慈悲與智慧的領導者與卓越佛教人才，服務社會、促進文化與國家發展、探索與反思人類未來願景。
因少子化及一般民眾學習需求之故，本校社區再造碩士學位學程、環境與發展碩士學位學程自110學年度停招，人文社會學群調整為生命教育、社會企業與創新2個碩士學位學程（「 社會企業與創新 」 又分組為「社區再造組 」、「社會企業組」、「環境與發展組」三組）。又，為應社會需求，從111學年度起本校結合人文社會學群專業師資，於佛教學系博士班新增「佛教與社會實踐」領域（組），招收博士生1名，以發揮本校創辦人聖嚴法師以「佛教傳統與現代社會」為佛學研究主軸的精神，善用本校佛學與人文社會的師資，培養跨領域、多元專長並落實社會實踐與開拓全球視野之佛教學者、宗教師與社會精英。其次，人文社會學群申請新設「社會企業與心靈環保碩士在職學位學程」、「生命教育進修學士班」業經教育部核准，預計112學年度開始招生，以因應終身教育的學習需求，並與法鼓山聖嚴書院培佛社會實踐人才作銜。